Fernández được sinh ra tại Buenos Aires, con trai của Celia Pérez và người chồng đầu tiên của cô. Tách biệt với người sau, Celia (em gái của nhiếp ảnh gia cá nhân của Juan Domingo Perón) kết hôn với Thẩm phán Carlos Pelagio Galíndez (con trai của Thượng nghị sĩ của Liên minh dân sự cấp tiến). Alberto Fernández, người hầu như không biết cha ruột của mình, coi Pelagio là cha thật của mình.